Het Junior College is een zelfstandige onderbouwlocatie in Julianadorp voor alle richtingen (bb, kb, gl, tl, havo en vwo/gymnasium). Na leerjaar 2 stromen de leerlingen van bb, kb, gl en tl door naar de locaties beroepsonderwijs en lyceum in Den Helder. De leerlingen van havo en vwo gaan na leerjaar 3 naar de locatie Lyceum aan Zee in Den Helder. Het team van het Junior College zorgt voor goede begeleiding en een naadloze aansluiting met de andere locaties in de stad. In het lesrooster zijn talenturen opgenomen, waar leerlingen kunnen kiezen uit verschillende onderwerpen en zelf kunnen bepalen waar ze tijd en energie in willen steken.

Tijdens de maatwerkuren en EXH-uren (extra hulpuren) kunnen leerlingen op het Junior College extra hulp krijgen bij specifieke vakken of achterstanden wegwerken buiten de reguliere lesuren om.
Er is veel aandacht voor sport en cultuur. De school beschikt over een mooie sporthal, Sport aan Zee 1, en organiseert diverse sporttoernooien en activiteiten voor alle leerlingen, zoals bijvoorbeeld de Junior Run, een individuele hardloopwedstrijd over de hellingbaan van het Junior College.

De school is toegankelijk voor leerlingen uit Julianadorp en de omliggende regio, zoals Anna Paulowna, Breezand, Wieringen, Callantsoog en ’t Zand. De locatie aan de Akkerbouwstraat in Julianadorp is veilig bereikbaar via fietspaden. Voor leerlingen die het kanaal moeten oversteken, biedt Scholen aan Zee gratis gebruik van het veerpontje Westeinde. Hiervoor krijgen zij een speciaal pasje.